「日本警察の救世主」、「平成のホームズ」などと言われ、東の高校生探偵として名を馳せた工藤新一は、「黒の組織」によって試作段階の毒薬（APTX4869）を飲まされ、子供の姿にされてしまう。正体が露見して周りに危害が及ぶのを防ぐため、帝丹小学校に通う1年生、江戸川コナンとして、幼馴染である毛利蘭の家で生活している。名前は、父親の書斎にある本に書いてあった江戸川乱歩とコナン・ドイルの名前から考え出した（ちなみに名乗った際に『父がコナン・ドイルのファンだから』と言っている）。

2007年9月現在、コナン＝新一の事実を知っているのは、阿笠博士、灰原、服部、優作、有希子、ベルモット、本堂瑛祐の7人。ちなみに、劇場版も含めるならば、怪盗キッド、ノアズ・アーク（『ベイカー街の亡霊』）もこの事実を知っている。

風邪の状態で中国酒の白乾児（パイカル）を飲むことで一時的に体が元に戻ったことが、劇場版を含めて2回ある^[2]。また、灰原が白乾児の成分を参考にして作った解毒剤で元に戻ったことも一度あり、その際は灰原の変装による偽装が行われた。だがその反面、体にかける負担は大きく、いずれの場合も風邪に近い状態であり、解毒剤の効果が切れコナンの姿に戻るタイムリミットが近づくにつれ呼吸が荒くなり、激しい動悸のため胸を押さえるシーンがある。